سيد على حسینی خامنه‌اى فرزند مرحوم حجت‌الاسلام‌ و المسلمين حاج سيد جواد حسينى خامنه‌اى، در فروردین ماه سال ۱۳۱۸ شمسی برابر با ۱۳۵۸ قمرى در مشهد مقدس چشم به دنيا گشود. او دومين پسر خانواده بود و زندگى مرحوم سيد جواد خامنه‌اى هم مانند بيشتر روحانيون و مدرسان علوم دينى، بسيار ساده: «پدرم روحانى معروفى بود، اما خيلى پارسا و گوشه‌گير [...] زندگى ما به‌سختى مى‌گذشت.